天麻种子细小如粉状，像纺锤形至新月形，种子平均长 670微米，中部最宽处直径12微米，种子由胚及种皮两部分 构成,无胚乳。种皮膜质，是一层无色透明的长方 形薄壁木化细胞组合而成的。尖端孔裂，种胚位于种子中部。天麻种 子成熟后胚仍处于原胚阶段，形状是椭圆形，近珠孔端有一突出 的喙状柄。胚平均长180微米，直径100微米，是由数十个原胚 体细胞和分生细胞组成，大略可分5-7层。胚前端分生细胞 小，体积大约为其他原胚细胞的1/4,细胞中原生质较浓，细 胞核较大，多糖颗粒较小，分生细胞后端为原胚细胞，多糖颗 粒较大较多，有细胞质和细胞核。
天麻花朵授粉以后，花被逐渐萎缩，子房迅速膨大。而未授上粉的花朵，花凋谢以后子房略有膨大，但果实内的种子不具有种胚。当下部果色渐深暗，纵缝线日益明显，表示蒴果即将成熟。天麻果实是从果穗下部向上部陆续成熟的。当果壳上6条纵缝线刚出现开裂时，即为种子的最佳采收期。若再晚1天采收，其纵缝线会大量开裂，种子便由此逸出，随风散落，因此一定要适时采收。
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