苗木免税的增值税普通发票可以抵扣。购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率。
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
扩展资料：
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十条混合销售行为依照本细则第五条规定应当缴纳增值税的，该混合销售行为所涉及的非增值税应税劳务所用购进货物的进项税额，符合条例第八条规定的，准予从销项税额中抵扣。
第二十七条已抵扣进项税额的购进货物或者应税劳务，发生条例第十条规定的情形的（免税项目、非增值税应税劳务除外），应当将该项购进货物或者应税劳务的进项税额从当期的进项税额中扣减；无法确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额。
参考资料来源：
中国政府网——中华人民共和国增值税暂行条例
《财政部国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号）的规定：“三、《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的“销售发票”。
是指小规模纳税人销售农产品依照3％征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
（1）生产货物或者提供应税劳务的纳税人，以及以生产货物或者提供应税劳务为主（即纳税人的货物生产或者提供应税劳务的年销售额占应税销售额的比重在50%以上）并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应税销售额超过50万的；
（2）从事货物批发或者零售经营，年应税销售额超过80万元的。
参考资料来源：
百度百科-增值税
从税务的角度出发，苗木交易的供苗方包括苗木直接生产者及苗木贸易商，在我国苗木直接生产者均可以向当地税务机关申请开具免税发票，即是税法上规定的农产品自产自销行为，免税，因此并不存在增值税进项抵扣问题。
苗木类产品销售时，一般是可以享受农产品免税政策的，所以在对外开具发票时只能开具免税税率的发票，即没有税率的O税率发票，而且只能是增值税普通发票，不能开具专票。所以除了苗木类贸易企业外，其它企业取得这样的发票是不可以抵扣进项税额的。
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