一般纳税人购买免税苗木，取得增值税普通发票，可以抵扣。按进项税额抵款。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第三款规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率。
财税[2012]75号财政部、国家税务总局《关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》第三条规定：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的"销售发票"，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票；批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
《财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)经国务院批准，现将农民专业合作社有关税收政策通知如下:
一、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
二、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
三、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
四、对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
参考资料来源：
国家税务总局-中华人民共和国增值税暂行条例
增值税一般纳税人，购买树苗用于生产经营的，取得的增值税普通发票可以抵扣。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第三款规定,购进农产品,除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外,按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算的进项税额。
进项税额计算公式:进项税额=买价×扣除率
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