可以抵扣。《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第三款规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率
《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条，纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：
（一）除本条第（二）项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条规定了下列7个项目免征增值税：
1.农业生产者销售的自产农产品；
2.避孕药品和用具；
3.古旧图书；
4.直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
5.外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
6.由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
7.销售的自己使用过的物品。
除前款规定外，增值税的免税、减税项目由国务院规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。
参考资料来源：
百度百科-增值税
如果公司购进并销售苗木的，可以开增值税专用发票，是可以抵扣的；如果是自产自用的，是无法开具增值税专用发票的，那就不能抵扣。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条下列项目免征增值税：
（一）农业生产者销售的自产农产品；
（二）避孕药品和用具；
（三）古旧图书；
（四）直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
（五）外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
（六）由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
（七）销售的自己使用过的物品。
除前款规定外，增值税的免税、减税项目由国务院规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。
第二十一条纳税人发生应税销售行为，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：
（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；
（二）发生应税销售行为适用免税规定的。
扩展资料：
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下：
（一）第一款第（一）项所称农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。
农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。
农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定。
（二）第一款第（三）项所称古旧图书，是指向社会收购的古书和旧书。
（三）第一款第（七）项所称自己使用过的物品，是指其他个人自己使用过的物品。
参考资料来源：
百度百科——中华人民共和国增值税暂行条例
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