如果公司购进并销售苗木的，可以开增值税专用发票，是可以抵扣的；如果是自产自用的，是无法开具增值税专用发票的，那就不能抵扣。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条下列项目免征增值税：
（一）农业生产者销售的自产农产品；
（二）避孕药品和用具；
（三）古旧图书；
（四）直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；
（五）外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；
（六）由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；
（七）销售的自己使用过的物品。
除前款规定外，增值税的免税、减税项目由国务院规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。
第二十一条纳税人发生应税销售行为，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：
（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；
（二）发生应税销售行为适用免税规定的。
扩展资料：
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下：
（一）第一款第（一）项所称农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。
农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。
农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定。
（二）第一款第（三）项所称古旧图书，是指向社会收购的古书和旧书。
（三）第一款第（七）项所称自己使用过的物品，是指其他个人自己使用过的物品。
参考资料来源：
百度百科——中华人民共和国增值税暂行条例
2019年苗木发票当年没有抵扣完下年度还能继续抵扣。
增值税一般纳税人取得的2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，不再需要在360日内认证确认等，已经超期的，也可以自2020年3月1日后，通过本省（自治区、直辖市和计划单列市）增值税发票综合服务平台进行用途确认。
从税务的角度出发，苗木交易的供苗方包括苗木直接生产者及苗木贸易商，在我国苗木直接生产者均可以向当地税务机关申请开具免税发票，即是税法上规定的农产品自产自销行为，免税，因此并不存在增值税进项抵扣问题。
可以向所辖的国家税务局申请领购“农副矿产品采购发票”。 自己根据苗木采购数量,采购单价,采购对象,及采购对象所提供的身份证明,开具“农副矿产品采购发票”。1、如果该苗木是做绿化工程用，用此发票入帐 借：工程成本贷：现金或银行存款2、如果该苗木是用于加工销售：借：原材料—**苗木贷：现金或银行存款
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