1、增值税：《中华人民共和国增值税暂行条例》规定农业生产者销售的自产农产品免征增值税；所得税。《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定花卉种植可以减半征收企业所得税，即按法定税率25%减半征收，执行12.5%的实际征收税率。
上述两个税种的优惠政策都强调的是公司直接从事花卉的种植、培育才可以享受优惠。具体执行起来各地税务机关可能有不同规定，可以咨询主管国税部门具体措施。
2、如果苗木行业又种植又销售：种植+销售，应缴纳增值税，在国税部门办理；
3、增值税政策中的“农业生产者”并未单指农民个人，因此除自然人以外，机构直接从事种植，并销售自产农产品，是可以享受免征增值税政策的。
（一）一般纳税人销售自己使用过的属于《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产，按照简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税。
（二）小规模纳税人销售自己使用过的固定资产，减按2%征收率征收增值税。
（三）一般纳税人销售自产的下列货物，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税：
1.县级及县级以下小型水力发电单位生产的电力。小型水力发电单位，是指各类投资主体建设的装机容量为5万千瓦以下（含5万千瓦）的小型水力发电单位。
2.建筑用和生产建筑材料所用的砂、土、石料。
3.以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产的砖、瓦、石灰（不含粘土实心砖、瓦）。
4.用微生物、微生物代谢产物、动物毒素、人或动物的血液或组织制成的生物制品。
5.自来水。
6.商品混凝土（仅限于以水泥为原料生产的水泥混凝土）。
参考资料来源：
百度百科-增值税
增值税发票税率有17%、11%、6%、3%、0%。纳税人兼营不同税率的项目，应当分别核算不同税率项目的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。
增值税专用发票只适用于一般纳税人。
1、17%的税率：销售或进出口货物，提供加工，修理服务适用；
2、13%的税率：粮食，图书，饲料，农产品，资源等国务院其他适用规定；
3、11%的税率：运输服务，邮政服务，电信服务，建筑服务(装饰，修理，安装，工程服务)，融资租赁(不动产)，租赁服务(不动产)，土地使用权出售，房地产销售(建筑物，构筑物))适用；
4、6%的税率：金融服务，研发和技术服务，信息技术服务，文化创意服务，后勤辅助服务，法医咨询服务，广播电视服务，生活服务，无形资产销售等；
5、0%的税率：出口商品是适用的。
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