会被林业局行政处罚的，一般来说是会扣押树苗并罚款，并让补办相关的检疫证。根据国务院《植物检疫条例》第七、八条规定：调运列入应施检疫的植物、植物产品的，运出发生疫情的县级行政区域之前，必须经过检疫。经检疫未发现植物检疫对象的，发给植物检疫证书。发现有植物检疫对象，但能彻底消毒处理的，经检查合格后发给植物检疫证书。无法消毒处理的，应停止调运。调运的树苗属于应施检疫对象，必须办理《植物检疫证书》才能进行运输。可以携带有效期内的《产地检疫合格证》、本人身份证到行政服务中心林业局窗口办理。
到当地的林业局办证点开具花卉苗木检疫证书，如果苗木直径超过5厘米，还需要另外开具木材运输证明，承办人对申请材料进行形式审查。材料齐全、符合法定形式的，应当场或不超过2个工作日出具《行政许可受理通知书》。
申请材料不齐全或不符合法定形式的，应当场或不超过2个工作日出具《行政许可材料补正告知书》，一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理；不符合受理条件的，应当场或不超过2个工作日出其具《行政许可不予受理通知书》，并注明不予受理的原因。
扩展资料：
注意事项：
1、在起苗前半月左右取得收货方所在地林业检疫机构的森林植物检疫要求书原件或复印件、传真件，到调出地林业检疫机构报检，确定有关检疫事项。
2、胸径大于5公分的苗木，调运时需到调出地林业局办理木材运输证件。
3、取得检疫证书后，核对检疫证件的内容是否完整或错误，特别注意所调苗木品种、规格、数量等几处关键地方，所调品种较多时，最好和苗木清单一一核对。
4、根据苗木购销合同，在调运苗木时应办理完所需证件，如植物检疫证书、林木种子生产许可证、经营许可证、产地标签、苗木检验证书等。
5、调运途经木材检查站或检疫检查站时，应主动停车接受查验证件。
6、交货验收后，应立即将所有证件交收货方检验员，不应自行保留。
参考资料来源：
百度百科-植物检疫证书
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