1、按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号，2019年4月1日后，产品13%对应10%）计算抵扣进项税额。
2、成本=买价-计算的抵扣进项税额
扩展资料：
一、免税产品享受条件
1、纳税人为增值税一般纳税人。
2、从农民专业合作社购进免税农产品。
3、农产品应当是列入《农业产品征税范围注释》（财税字〔1995〕52号）的农业产品。
4、农民专业合作社，是指依照《中华人民共和国农民专业合作社法》规定设立和登记的农民专业合作社。
二、农产品抵扣的六种情形（2019年4月1日后按《财政部税务总局海关总署公告2019年第39号》相应的调整税率）
1、从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣
2、进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；
3、从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额；
4、取得农产品销售发票的，以农产品销售发票上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额
5、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额
6、农产品进项税额核定扣除，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》(财税〔2012〕38号)等文件规定，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额，而是根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额；
参考资料来源：
国税总局——关于深化增值税改革有关政策的公告
国税总局——购进专业合作社销售的免税农产品可以抵扣进项税额
可以计算抵扣的条件：
第一、农业生产者销售的自产苗木。这一条有两个重点：
农业生产者
第二、对方不能开免税发票，由收购方开具“农产品收购发票”进行计算扣除。
计算公式：进项税额=买价×扣除率
“买价”是发票注明的买价；“扣除率”2019年4月1日后为9%。
中华人民共和国增值税暂行条例
第十五条下列项目免征增值税:
（一）农业生产者销售的自产农产品；
第八条纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
希望对您有所帮助！
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