自种苗木销售免增值税，开增值税普通发票。如果是外购苗木再销售，则按规定13%的税率计算交纳增值税。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条下列项目免征增值税:
（一）农业生产者销售的自产农产品；
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下:
(一)第一款第(一)项所称农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。
（1）纳税人销售或者进口货物，除以下第二项、第三项规定外，税率为13%。
（2）纳税人销售或者进口下列货物，税率为10%：粮食、食用植物油、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品、图书、报纸、杂志、饲料、化肥、农药、农机、农膜、农业产品、以及国务院规定的其他货物。
（3）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
（4）纳税人提供加工、修理、修配劳务税率为13%。纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务。
参考资料来源：
百度百科-增值税税率
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南京六合?南玉苗木不错
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》 第十六条第一款规定，如果绿化苗木、花卉是自己种植的免征增值税。享受优惠政策的审批在所在地的国家税务局办理税务登记后，可以办理免税手续，同时可以申请购买发票
纳税人销售免征增值税的，通过发票税控系统开具时，应在机发票“增值税税率或征收率”栏选填“0”。这等于是对免税项目开具发票按零税率填开做了明确规定。
1、根据《财政部关于减免和返还流转税的会计处理规定的通知》（财会〔1995〕6号）的规定，自产的苗木销售时是不用交税的。
2、从事自产农产品销售的纳税人，可免征增值税，销售额不超过小规模标准的纳税人可领购、开具免税货物（劳务）发票；销售额超过小规模标准的纳税人，必须认定增值税一般纳税人，使用增值税防伪税控一机多票系统领购、开具增值税普通发票。销售苗木免税户,增值税普通发 票开票时不要价税分离（免税即无税），税额栏和税率栏填“*”号
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