首先你公司种植的苗木的用途是什么，这样才能区分是否为生产性生物资产或消耗性生物资产。二者的账务处理是不一样的。比如苗木是用来育林，成材后销售原木，则为消耗型生物资产，在郁闭前发生的支出与购买苗木（苗圃培育植株所发生的支出也是一样）的归集到生产成本，郁闭后列入相关费用。如果是果木林，则计入生产性生物资产，在达到预定经营目标前的相关支出计入生产性生物资产-未成熟的生产性生物资产，成熟后，将该科目余额转入生产性生物资产-成熟生产性生物资产。
以上是1、2的解答。
自产自销就是必须是你公司自行种植成材后销售的，才适用免税。相对的就是购进林木后直接或加工后进行销售，则不免税。
库存增大，我木理解你的意思。你应该是说库存商品价值增大吧？做表格的意思应该是叫你按品种归集产品成本，发生相关支出时，如是用材林，
借：消耗性生物资产，
贷：现金、银行存款等科目，销售时先将消耗性生物资产转入库存商品（某产品）再做销售处理，如是果木林，
借：生产性生物资产-未成熟生产性生物资产，
贷：原材料—种苗（化肥、农药）、应付职工薪酬等。
4的收购发票是农产品收购发票吧？如果仅种植销售，没有什么用。如果有购进后销售，是应税行为，可按收购价格的13%计算抵扣在增值税，销售时如果仍然属于农产品，则按13%缴税，如不是，按17%缴税。农产品相关范围可参考财税199552号文。
5购发票成本处理：如果收购113万元农产品。成本为113-113乘13%=100万。
账务上的处理：
借：在建工程（贷方合计）
贷：库存商品（成本价）
应交税金-应交增值税（销项税）（按售价*增值税税率计算）
另：你的补充问题是一个新的问题吧，不完全正确
成本核算时：
1、车间领料时
借：生产成本-直接材料
贷：原材料
2、完工入库时
借：库存商品
贷：生产成本-直接材料
-直接人工
-然动力费
-制造费用
（我们目前是将生产成本科目下设这几个二级科目）
3、正常的销售
借：应收账款或银行存款等
贷：主营业务收入
应交税金-（销项税）
4、月末结转销售成本
借：主营业务成本
贷：库存商品
5、月末结转期间损益
借：本年利润（倒挤，也有可能在贷方）
主营业务收入
......
贷：主营业务成本
......
第2个问题，税务局的做法没有问题，将领用自产产品视同销售处理，是考虑到需要企业交税的问题，但企业在建工程领用自产的产品或原材料时，是比较特殊的，在实际进行账务处理时不能做收入处理，直接贷记”库存商品“科目就行了。具体的会计分录如上所列。
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