国税部门开具销售苗木发票征收增值税，但根据不同情况可以获得免征增值税，抵扣进项税额的政策。
根据《关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）（以下简称37号文）和国家税务总局2017年第19号公告，从2017年7月1日开始执行简并后的增值税税率（8月1日开始申报）
一、从农业生产者处采购苗木花草
按照规定，农业生产者自产自销农产品免征增值税，园林施工企业从农业生产者处购得的苗木花草，一般取得（开具）的是农产品销售发票或收购发票。按照37号文的规定，园林施工企业可以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
比如园林建筑公司从某农场采购一批苗木，买价100万元，无税额，因此价税合计也是100万元。该园林公司可以抵扣的进项税额＝100×11%＝11万元，应计入的苗木成本为89万元。
二、从小规模纳税人处采购苗木花草
根据37号文规定，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
比如园林建筑公司从某苗木贸易公司（小规模纳税人）购入一批苗木，取得专票，票面金额10000元，税额300元，价税合计10300元。该园林公司可以抵扣的进项税额＝10000×11%＝1100元，应计入的苗木成本为9200元。
值得注意的是，在过去很多纳税人与税务机关对此理解都存在过误区，很多人理解按10300×11%来计算，这次在37号文件里进一步明确。
三、从一般纳税人处采购苗木花草
根据37号文规定，纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
比如园林建筑公司从某苗木贸易公司（一般纳税人）购入一批苗木，取得专票，票面金额10000元，税额1100元，价税合计11100元。该园林公司可以抵扣的进项税额＝1100元，应计入的苗木成本为10000元。
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